Na začátku druhé série byla akta X uzavřena a oba agenti pracují odděleně. Scullyová vyučuje na akademii FBI v Quanticu ve Virginii, zatímco Mulder se přesouvá k dohledové službě. Se svým novým partnerem Alexem Krycekem a s tajemnými akty “X” jako novým zdrojem informací se i přesto snaží dále pokračovat v odhalování pravdy. Paradoxně je to ale Scullyová, kdo zažije setkání, po kterém tolik touží Mulder. Společné pátrání vytvoří mezi oběma agenty vazbu, která je silnější než cokoliv dřív.

DISK 1
Epizoda 1 Zelení mužíčkové
Epizoda 2 Hostitel
Epizoda 3 Krev
Epizoda 4 Nespavost

DISK 2
Epizoda 5 Duane barry
Epizoda 6 Výstup
Epizoda 7 Trojice
Epizoda 8 Jedním dechem
Bonusy:
Vynechané scény z epizody “Trojice”: ‘Mulderova přítelkyně’ a ‘Hasič’

DISK 3
Epizoda 9 Ohnivák
Epizoda 10 Červené muzeum
Epizoda 11 Excelsius Dei
Epizoda 12 Aubrey

DISK 4
Epizoda 13 Neodolatelné
Epizoda 14 Ruka, která trestá
Epizoda 15 Čerstvé kosti
Epizoda 16 Kolonie

DISK 5
Epizoda 17 Konec hry
Epizoda 18 Děsivá symetrie
Epizoda 19 Mrtvolné ticho
Epizoda 20 Humbug
Bonusy:
Vynechané scény
Pohled do zákulisí natáčení

DISK 6
Epizoda 21 Kalusari
Epizoda 22 F. Emasculata
Epizoda 23 Přítmí
Epizoda 24 Naše město

DISK 7
Epizoda 25 Anasazi
Bonusy:
Nový dokument ‘Pravda o druhé řadě’
12 rozhovorů s Chrisem Carterem
Sestřih speciálních efektů, Pohledy do zákulisí natáčení
a Vynechané scény
49 TV upoutávek
9 ‘Pohledů do zákulisí natáčení’ Sestřih speciálních efektů