Pokračovanie kultovej sci-fi. Novodobý spasiteľ Neo musí v druhej časti čeliť novým protivníkom - sú nimi Dvojčatá, nemilosrdní zabijaci, v skutočnosti smrtiace vírusy, ktoré sa pohybujú Matrixom a dokážu ho meniť a podriaďovať svojej vôli rovnako ako Neo. Okrem nich ide Vyvolenému po krku aj agent Smith, ktorý sa oddelil od Matrixu a teraz Nea prenasleduje na vlastnú päsť. Navyše ako vírus dokáže naklonovať sám seba, takže Neo bude v jednej z vrcholných scén filmu čeliť takmer stovke identických agentov Smithov.
Medzitým sa Trinity a Morpheus snažia zachrániť tajomného Kľúčnika, ktorý dokáže otvoriť každé dvere v Matrixe a je dôležitou zbraňou ľudí v boji proti strojom. I medzi robotmi prebieha boj o nadvládu nad virtuálnou realitou, a zároveň sa snažia objaviť posledné ľudské mesto Zion, ukryté v hlbinách Zeme...A zatiaľ, čo otázka Čo je to Matrix? ešte nebola zodpovedaná, vyvstáva ďalšia: Kto vytvoril Matrix?. Odpovede nás vedú k ďalším svetom úžasných možností, udalosti zase k veľkej vojne ľudí proti strojom, ktorá vypukne v tretej časti.